Gombás szaprobák vagy paraziták. Függelék:Német szavak


Genomics Absztrakt A zygomycete gomba, a Choanephora cucurbitarum egy növényi kórokozó, amely virágcserét okoz az uborkákban és más növényekben.

Gomba genomika Absztrakt Az elmúlt években az élesztőfajok egyre növekvő skálájából elérhetővé váltak a genomszekvenciák, amelyek jelentős előrehaladást eredményeztek az eukarióták evolúciós mechanizmusainak megértésében. Az élesztők egyedülálló lehetőséget kínálnak arra, hogy megvizsgáljuk, hogy a molekuláris és reproduktív mechanizmusok hogyan hatnak a genom architektúrákra, és hogy az evolúciós változásokat a fajok széles skáláján hajtják. Ez a felülvizsgálat összefoglalja a molekuláris mechanizmusok - mint például a gén-duplikáció, a mutáció és az új genetikai anyag megszerzése - közelmúltbeli előrehaladását, amely az élesztő evolúciós genomikájára épül. Arról is beszélek, hogy az élesztőkből származó eredmények kiterjeszthetők más eukariótákra is.

Az összeszerelt genom mérete 29, 1 Mbp és 11 protein kódoló gén. A genomelemzés azt mutatta, hogy a C.

Függelék:Német szavak

A genom 11 gént tartalmazott Streptomyces szubtilizin inhibitor-szerű doménnel, amely fontos szerepet játszik a növényi immunitás elleni védelemben. Ezt a domént csak a bakteriális genomokban találták. A szénhidrát-aktív enzimelemzés ebben a genomban CAZim-t észlelt, ahol a 6-os szénhidrát-észterázcsalád, amely ritkán található a dikarióta gomba genomokban, viszonylag gazdagodott. Az összehasonlító genomelemzés kimutatta, hogy a szexuális kommunikációhoz kapcsolódó gének, például a β-karotin és a triszporinsav bioszintézise konzerváltak, és a zygomycete genomok kialakulása során eltérnek.

  • Függelék:Német szavak – Wikiszótár
  • Холодный осенний вечер в Бовуа, один из последних дней, проведенных на Земле; они с Женевьевой уже собирались в Давос покататься на лыжах.

  • Так .

  • Голос его угас.

Összességében ezek az eredmények segítenek abban, hogy megértsük, hogyan kapcsolódnak a zygomycetes növényekhez. Bevezetés A Fungi királyság kritikus szerepet játszik az 1-es szén-ciklusban, valamint más élő szervezetekkel való kölcsönhatásban.

A zygomycetes a 2, 3- as gombafejlődés korai szakaszában különbözött, és különböző ökológiai típusokkal rendelkezett, amelyek magukban foglalják a növényi és állati kórokozót 4, 5, 6, 7, 8, 9 -et, 10 szaprobétákat és más gombafajok parazitáit A Mucorales a zygomycetes legnagyobb és legjobban tanulmányozott kládja.

A Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum egy nekrotróf növényi kórokozó, amely gyümölccsel és virágzó rothadással jár gombás szaprobák vagy paraziták uborkákban és más növényekben, beleértve a padlizsánt, a squashot, a jégnövénytaz okra-t, a sütőtöket és a petúniát, különböző fokú súlyossággal 12, 13, 14, 15, 16, A gomba által okozott fertőzés gyakran meleg és nedves éghajlaton, például trópusi és szubtrópusi területeken fordul elő Több tucat Mucorales-genomot szekvenáltak, köztük az opportunista humán patogén Rhizopus delemar et, az olívaolaj Mucor circinelloides gombás szaprobák vagy paraziták humán patogén Lichtheimia corymbifera 21 -et és a termofil Rhizomucor miehei et.

Vannak olyan Mucorales gombák, amelyek növényi kórokozóként szerepelnek, beleértve a Mucor circinelloides-t noni gyümölcs sebes kórokozója 17, Rhizopus gombás szaprobák vagy paraziták kukorica, napraforgó és rizs kórokozója 4, és Rhizopus stolonifer édesburgonya kórokozója 23, de egyikük sem A korábbi vizsgálatokban elemezték és jelentették a genomikai jellemzőket. A gombás növényi kórokozók három különböző életstílusba sorolhatók: necrotrophs, biotrophs vagy hemibiotrophs A gombás kórokozók különböző növényi kolonizációs stratégiákat fejlesztettek ki az ökológiai résektől és a fiziológiai jellemzőktől függően.

Fontos tehát megérteni a növényi patogén különböző formáit genomiális skálán, és ezt a gombák kórokozói életmódját képező funkcionális repertoárok összehasonlításával lehet elvégezni. A növényi patogenitás megértésének általános megközelítései közé tartozik a gazdaszervezethez kapcsolódó funkcionális domének azonosítása, mint például az adhézió, a méregtelenítés, a másodlagos metabolizmus és a 25 jelvezetés, amelyet a Pfam 26 vagy a Gene Ontology GO 27 segítségével lehet következtetni. Ezen túlmenően a szénhidrát-aktív enzim CAZyme 28 profil használható a gombák életmódjának jellemzésére.

A gombák királyságának globális CAZyme-vizsgálata azt mutatta, hogy a nekrotróf kórokozóknak több CAZim-je van, mint más ökotípusok, mint például a biotrófok és a szaprobák Érdekes, hogy a biotróf Ustilago maydis- nak rendkívül csökkent a teljes CAZym-ek száma, de a szekretált virulencia faktorok géncsoportjai megtalálhatók a genomjában.

Ez arra utal, hogy a CAZymek nem az egyetlen olyan tényező, amely meghatározza a gombák növényi patogénességét.

Navigációs menü

A szekretált effektorokat is vizsgálták, mivel a növényi patogén gombák kölcsönhatásba lépnek a gazdasejt-halálos gépekkel ezeken az effektorokon keresztül. A patogén-gazda interakcióban a szexuális kommunikáció révén a genom evolúciója fontos a befogadáshoz.

A β-karotin-származékokat, különösen a triszporoidokat, azonosították a partnerek felismeréséért és a korai szexuális differenciálódásért a zygomycetesben Három gén, tsp1, tsp2 és tsp3 kapcsolódik a triszporinsav-bioszintézishez, amely 4-dihidrometil-triszporát-dehidrogenázt, 4-dihidrotrisporin-dehidrogenázt és karotin-oxigént kódol.

Az AcaA egy további karotin hasítási oxigenázot kódol, amely a β-karotin hasítási termékére hat, amelyet a tsp3- kódolt oxigenáz Phycomyces -ben készített. A β-karotin bioszintézise jól konzerválódott a Mucorales-ben, és két gén, a carra és a carB 34 közvetítette. Itt jelentették a növényi patogén Mucorales gomba Choanephora cucurbitarum genomszekvenciáját.

Tíz Mucorales és két Glomerales genomot használtunk összehasonlító anyagként: egy Absidiakét Lichtheimiakét Mucoregy Parasitellakét Rhizopuskét Umbelopsis és két Rhizophagus.

A növényi fertőzési stratégiák szempontjából a C. Eredmények és vita Genom összeszerelés és gén előrejelzés A koreai zöld squash-ből izolált C. A kiváló minőségű olvasmányok 18, 8 millió 4, 3 milliárd bázis alapján 29, 1 Mbp-os genomot állítottunk össze állvánnyal. A contigek és állványok Nértéke 24, 2 kbp és 27, 9 kbp volt, és a szekvencia lefedettség 81, 3-szoros gombás szaprobák vagy paraziták.

  • A nukleotid polimorfizmusok a kiegyenlítő konszenzussal szemben, amely szintén a legmagasabb GC-tartalom szekvencia többnyire a CpA-nak felelnek meg.
  • BIOSZFÉRA (szervezetek, ökoszisztémák)
  • Népességdinamika Absztrakt A Hymenoscyphus fraxineus-tegy bevezetett ascomycete gomba és az európai hamutartó elsődleges okozati ágensét Fraxinus mandshurica fákon vizsgálták a Távol-Kelet Oroszország Primorye régiójában.

Az egyes állványok mélységes lefedettsége és GC-tartalmi profilja nem mutatott jelzést a szennyeződések, a szimbionok vagy a paraziták szekvenciáira a végső összeállításban kiegészítő ábra S2.

A Mucorales genommérete 21, 9 Mbp U. Meg kell jegyezni, hogy az R. Összesen 11 fehérje kódoló gént előrejeleztek a C.

Élesztő evolúciós genomika | a természet értékeli a genetikát - Értékeli a genetikát - 2020

A Mucorales genomokban a megjósolt gének száma is változott, 9, U. A fehérjehossz-eloszlás a rövid fehérjék enyhe növekedését jelezte aminosav körül aa kiegészítő ábra S3. Az gombás szaprobák vagy paraziták a vizsgálatban használt összehasonlítások összefoglalása az S1 kiegészítő táblázatban található. A bootstrap-alapú elágazó-támasztékokat és a gombás szaprobák vagy paraziták, amely az aminosav helyettesítések átlagos számát mutatja helyenként, bemutatjuk.

Aspergillus nidulans- t használtak egy csoportként. Az ismételt tartalmat a RepeatMasker 4. A GenBank-azonosítók minden faj esetében zárójelben vannak feltüntetve. Teljes méretű kép Ortológiai és árva gének Az ortológ géncsaládokat a C. A génmegosztás mértéke összhangban állt az 1. A géncsaládonkénti tagok kevés bizonyítékot szolgáltattak az egész genom duplikációs eseményeiről, amint azt a 19 -es Rhizopus genomokban találtuk, amely összhangban volt a C.

A második legnagyobb géncsalád az árva gének 31 tagját tartalmazza, amelyek az F-box domént PF tartalmazzák, amely az ubiquitin proteolízis mechanizmusához kapcsolódik. Ezek az egyedülálló CAZymek meghatározhatják a szervezet gazdaszervezet specifitását. Érdekes módon az árvafehérjék rövidebbek voltak, mint a teljes proteómban, ahol az árva fehérjék és az összes fehérje medián hossza aa és aa 2. Ezt az elfogultságot még meg kell magyarázni.

Teljes méretű asztal Az effektorjelöltek azonosításához gént tartalmazott, amely a sejteken kívüli szignálpeptidet tartalmaz. Közelebbről, 97 szekretált fehérje-kódoló gén volt az árva gén, amely potenciálisan gazdaszervezet-specifikus effektorokként működhetett, ahol 84 közülük vasárnap korona paraziták dalszövegek egy ismert funkcionális domén, amely összhangban van gombás szaprobák vagy paraziták effektorgéneknek ismert funkcionális domének nélküli, meghatározott funkcionális domének nélküli meghatározására A többi 13 gén magában foglalja a proteáz inhibitor domén- és kataláz-domént tartalmazó géneket, amelyek a növényi immunitás elleni ellenszenv a korona paraziták élnek vettek részt.

Az összehasonlító genomelemzés különböző számú árva gént mutatott, melyek és 8 között mozognak, ami a Mucorales gombák változatos életmódját képviseli, amely az ökológiai fülkékhez igazodik.

Az utóbbi időben a legmodernebb molekuláris és genetikai eszközök, a nagy áteresztőképességű szekvenálással és a fejlett mikroszkóppal párosulva számos szimbólum genomját és transzkriptómáját elemezték. A növények és gombák közötti jelátviteli útvonalakat már leírták, és számos új tápanyag-transzporter azonosítása feltárta a szimbiózis alapjául szolgáló sejtfolyamatok néhányát.

Az árva gének gyakran nagyon sokszorosultak. Például az M. A többszörözött árva gének többségét nem jegyezték fel Pfam vagy CAZymes. Az ortológ csoportok és az árva gének funkcionális megjegyzései az S3 és S4 Kiegészítő táblázatban vannak felsorolva.

Érdekes módon a szekretált fehérjék nagyobb valószínűséggel voltak az árvafehérjék a C.

Tartalomjegyzék

Ez az eredmény arra utal, hogy az effektorgének erős szelektív nyomás alatt állnak, ami több variációhoz vezet, mint a többi gén. Ezt a megfigyelést az összehasonlító genomokban is azonosították, kivéve az R. Az árva gének és a szekretált árvafehérjék statisztikai tesztjeit a 2. Ugyanakkor a megismételt Pfam bejegyzések száma hasonló volt 3, a C.

Népszerű Bejegyzések

Ezek a megfigyelések arra utalnak, hogy a legtöbb funkciót megosztják, és hogy a kis változatok meghatározzák az életmódját. Az esélyarányokat és a P-értékeket Fisher gombás szaprobák vagy paraziták vizsgálatával számítottuk ki.

A P érték levágása 0, 05 volt. Az egyes gombás szaprobák vagy paraziták feltöltéséhez a Z-pontszámok alapján számított értékeket használtunk. Azt jelentették, hogy csak az Actinobacteriumok tartoznak ebbe a tartományba, amely többnyire a Streptomyces spp. A három nem extracelluláris SSI-szerű fehérjét az endoplazmatikus retikulumra, a mitokondriumokra és a citoszolra szánták, ami azt sugallja, hogy a sejtekben különböző szerepük lehet.

Az SSI-szerű fehérjeszekvenciákban clade-specifikus konzervált pozíciók és egyetemesen konzervált pozíciók voltak. Összesen 19 SSI-szerű fehérje szekvenciát 11 a C.

A 16 és 12 pozíciókat csak C. Négy cisztein pozíció, amelyek két diszulfidkötést képeznek, minden szekvenciában jól konzerváltak, és pozíciók a 3a.

Ábránami azt jelzi, hogy ezek a diszulfidkötések fontosak a megfelelő szerkezet kialakításához mindkét csoportban Az összes fehérje megőrzött pozícióit világoszöldben kiemelik, és csak a C.